Уверенные, что опасность миновала, автоботы, тем не менее, оставляют на Земле небольшую группу защитников под руководством Оптимуса Прайма. Предосторожность оказывается не напрасной — три года спустя Мегатрон объявляется снова и приносит с собой Тёмный Энергон, с помощью которого рассчитывает отомстить за прошлое поражение. Автоботы опять вынуждены взяться за оружие. Они подружились с несколькими земными подростками, и теперь команда роботов и людей сражается, чтобы защитить
Бамблби вызывают, чтобы спасти Землю от новой группы десептиконов, сбежавших из рухнувшего на планету корабля-тюрьмы. Автобот собирает группу неопытных воинов, включающих в себя бунтующего «плохиша», кадета элитной гвардии, напыщенного динобота и гиперактивного миникона. Вместе отряд пытается поймать новых врагов.